Le istanze, non soggette a registrazione né sul protocollo generale né su quello particolare, dovevano essere corredate dall'estratto di nascita, dall'attestazione del conseguimento del titolo di studio del livello inferiore e dalla quietanza dell'avvenuto pagamento della tassa prevista per l'esame. I candidati avevano facoltà di ritirare successivamente le attestazioni relative ai titoli di studio, come risulta da una nota apposta sulla domanda stessa e dalla conseguente assenza di tale allegato dal fascicolo. All'interno delle istanze di ciascun candidato la segreteria inseriva le due composizioni di cui consisteva la prova scritta e che venivano redatte su carta azzurra recante il timbro "Regia Università degli Studi".
Sono articolate per anno accademico e riportano: cognome e nome dello studente, numero della rassegna, anno di corso e distinzione fra studenti in città e nelle province.
Le registrazioni dall'11 novembre 1729 al 12 agosto 1822 sono redatte interamente a mano, in lingua latina. In seguito, per la verbalizzazione dell'esame sono utilizzati registri con pagine prestampate in lingua italiana che prevedono la sottoscrizione in originale del presidente e dei componenti della commissione. Tutti i registri presentano una rubrica alfabetica che indica le pagine relative agli esami dei diversi anni.
Sono presenti due verbali per pagina che riportano: cognome e nome, paternità, data e luogo di nascita del candidato, data cronica e topica, materie, votazione dell'esame e firme autografe del presidente di commissione, degli esaminatori e del segretario. Ogni registro comprende una rubrica.
Proposte di acquisto da parte dei fornitori, circolari di ateneo, corrispondenza relativa al personale, alle visite dell'Orto da parte di gruppi organizzati, a scambi scientifici.
