Le Regie Costituzioni del 1729 prescrivevano che ciascun Collegio fosse così composto <ventiquattro cerusici, dodici ordinari, e dodici straordinari; avrà pure un priore, due sindaci, un segretario, ed un bidello> (titolo VII, capitolo II). Solo tra gli ordinari potevano essere eletti il Priore e i sindaci (consiglieri), che duravano in carica per un anno. Il segretario doveva invece essere notaio e a lui spettava rogare tutti gli atti del Collegio.
Oltre a provvedere all'insegnamento nell'Università, al Collegio competeva vigilare sull'esercizio della professione e gestire gli aspetti amministrativi, statutari e disciplinari dell'arte chirurgica in città, oltre a quella dei flebotomi, speziali e barbieri.