Il capo XIII del Regolamento Universitario approvato con R.D. 20 ottobre 1860, n. 4373 relativo alle segreterie dell'Università (artt. 276-281) prevede l'esistenza di un segretario capo e di segretari "a servigio e comodo delle Facoltà" operanti sotto la sua vigilanza. Prevede dunque lo smistamento della corrispondenza all'uno o agli altri "secondo la natura degli affari" e la conseguente registrazione delle carte o sul protocollo generale o sui protocolli speciali delle Facoltà. I documenti conservati sembrano evidenziare l'esistenza un'analoga organizzazione anche per gli anni precedenti (si veda anche il "Regolamento per le attribuzioni dei Rettori, Vice-Rettori, dei Presidi e Consigli delle Facoltà e delle Segreterie delle Università del Regno" approvato con R.D. 4 luglio 1857, artt. 43-51). A decorrere dal 1864, quando è introdotto un titolario per la classificazione della corrispondenza gestita centralmente, le carte riguardanti gli studenti vengono classificate anno per anno nella classe IX (attiva fino al 1875). L'esistenza su alcune carte di una doppia segnatura, l'una riferibile al protocollo generale (n. di protocollo e indice di classificazione IX) e l'altra al protocollo speciale (n. di protocollo e sigla T.S.L.), fa ipotizzare una prima assegnazione al segretario capo e una riassegnazione successiva alla segreteria di Facoltà. La sequenza numerica del protocollo speciale riprende da 1 il 6 novembre 1860.