Il capo III "Delle Segreterie delle Università" del R.D. 4 luglio 1857 "Nuovo regolamento per le attribuzioni dei rettori, vice-rettori, dei presidi e consigli delle Facoltà e delle segreterie delle Università del Regno" (artt. 43-51) prevede l'esistenza di un segretario, di "sostituiti segretari delle Facoltà" e dell'economo operanti sotto la sua vigilanza. Prevede dunque lo smistamento della corrispondenza all'uno o agli altri "secondo la natura degli affari a cui si riferiscono". Tra i registri la cui tenuta spetta al segretario figurano: "1° Protocollo per registrarvi il sunto delle lettere o delle domande che non si riferiscono ai protocolli speciali delle Facoltà [...]; 2° Registro per copiare in esteso le note ed i decreti ministeriali [...]; 5° Registro per trascrivervi le intimazioni dei concorsi, gli avvisi e gli ordini che si pubblicano nell'Università o nella gazzetta ufficiale [...]." La stessa organizzazione è prevista nel capo XIII del Regolamento Universitario approvato con R.D. 20 ottobre 1860, n. 4373 relativo alle segreterie dell'Università (artt. 276-281). A partire dal 1929 è attestata la registrazione e archiviazione in serie separata della corrispondenza ritenuta riservata.

L'insegnamento teologico, previsto fin dalla Bolla istitutiva dello Studium generale del 27 ottobre 1404, è estromesso dalle Università statali con la L. 22 gennaio 1873, che sopprime le Facoltà di Teologia.

Il Magistero delle Arti aveva tradizionalmente la funzione di completamento degli studi secondari, propedeutica alla prosecuzione degli studi in Teologia, Legge, Medicina. Ne erano materie di studio fondamentali la retorica, la filosofia e la matematica. La Costituzione del 25 ottobre 1720 mantiene la dipendenza del Magistero da Medicina, prevedendo l’esistenza di tre Facoltà, “cioè la teologica, quella delle leggi, e canoni, e quella della medicina, filosofia ed arti”. Con le Costituzioni del 20 agosto 1729 il Magistero delle Arti è costituito come quarta Facoltà, con un proprio preside, ma senza un Collegio autonomo. Le medesime Costituzioni prevedono la nascita, fuori dell'Università, di Scuole di Grammatica, Umanità e Retorica, facendo sorgere l'esigenza del reperimento degli insegnanti. Le Costituzioni prevedono infatti che vi possano insegnare solo i maestri che abbiano superato un esame davanti al professore di Eloquenza o abbiano conseguito il Magistero delle Arti, che dunque si vede riconoscere, senza perdere la funzione propedeutica, la responsabilità di formare gli insegnanti delle nuove scuole pubbliche. Con la regia patente del 29 agosto 1737 si stabilisce la creazione di un Collegio delle Arti autonomo e uguale alle altre Facoltà. Il Collegio, presieduto dal priore, è diviso in tre classi, ciascuno composto da otto professori: quella dei filosofi, quella dei matematici e quella dei retori e maestri delle lingue. Come puntualizzato dalla patente del 3 aprile 1738, innanzi al Collegio, e in particolare ai professori della classe opportuna, si tenevano diversi esami: “pel grado di Magistero delle Arti da conferirsi agli studenti aspiranti alle Facoltà superiori; pel grado di Magistero delle Arti da conferirsi ai Maestri di Filosofia nelle Provincie, e di Rettorica, Umanità e Gramatica per i Maestri, così nelle Provincie, che in Torino; per l’esame degli Architetti, Maestri de’ Conti, e Misuratori; per l’esame de’ semplici Maestri de’ primi rudimenti gramaticali” (volume di verbali del Collegio delle Scienze e belle Arti).
Con Regio Biglietto del 9 marzo 1762 sono introdotte norme più restrittive e severe circa gli studi, la pratica e gli esami di agrimensori, misuratori, architetti civili e architetti idraulici..
Le Costituzioni del 1772 confermano il Magistero delle Arti sia come corso propedeutico per la prosecuzione degli studi nelle Facoltà superiori, con percorsi differenziati per gli aspiranti alle laurea in Teologia e Giurisprudenza rispetto a Medicina, sia per coloro che ambiscono all’impiego “di professore di Filosofia, o delle buone Arti” (titolo V, capo IV).
Il Manifesto del Magistrato della Riforma sopra gli studi del 3 ottobre 1822 prevede una durata di quattro anni per il corso di Matematica ed idraulica, per gli aspiranti al titolo di ingegnere idraulico, di tre per il corso di Architettura civile (quattro dal 1834), per gli aspiranti al titolo di architetto civile, e di quattro per il corso sia di Lettere che di Filosofia, per gli aspiranti al titolo di professore di filosofia, di retorica o di umanità, con deroghe per chi già esercitasse la professione fuori dall'Università.
Con R.D. 9 ottobre 1848, n. 826 la Facoltà di Scienze e Lettere è divisa "in due Facoltà separate sotto i titoli di Belle Lettere e Filosofia, e di Scienze Fisiche e Matematiche" (art. 1).