Il fascicolo documenta un ambizioso intervento di riordino, versamento e scarto compiuto negli archivi dell'Università.
Sono datate 19 aprile 1858 le puntuali istruzioni per la tenuta degli archivi date dal rettore a segretari e applicati, nelle quali è già ben chiara la distinzione fra archivi correnti delle singole Facoltà, destinati a conservare unicamente la documentazione degli studenti in corso, archivio particolare della segreteria e archivio comune, cui perverranno i versamenti della documentazione non più corrente. Sono previsti anche tempi di conservazione diversi per le varie serie, vale a dire cinque anni dopo la fine del corso per le domande di ammissione agli esami in via ordinaria, un tempo non specificato, ma probabilmente da intendersi come perenne, per le domande di professori e studenti per l'ammissione a corsi o esami in via eccezionale, «indefinitamente» per i documenti presentati dagli studenti per l'iscrizione in via ordinaria, per i registri di rassegna, per i registri di esame e certamente per gli ordinati del Magistrato della Riforma, relativamente ai quali il termine di conservazione non è esplicitato, ma si può considerare sottinteso.
Entro il 21 ottobre del medesimo anno fu effettuata la consegna delle carte relative all'Istruzione secondaria, sulla quale l’Università non aveva più competenza ai sensi di legge, agli archivi del Ministero della Pubblica istruzione (peraltro ubicati nel medesimo palazzo del Rettorato), mentre quella dei documenti destinati agli archivi delle Finanze (conservati, all'epoca, nel palazzo dei Regi Musei) fu compiuta entro il 13 marzo dell'anno seguente, 1859.
Le operazioni furono seguite dall'archivista Giovanni Battista Marsengo, a più riprese lodato dal rettore come ottimo impiegato, il quale, avuto l'incarico del riordino degli archivi, «vi si adoperò di fatto con intelligenza e con zelo molto». Per tale lavoro «straordinario, grave e faticoso assai, nel quale l'impiegato si disimpegnò colla più zelante attività, tuttoché per le molte cure del suo ufficio ne avesse infralita la salute», il rettore sollecita al ministro un compenso non inferiore alle trecento lire (lettera del rettore al ministro della Pubblica istruzione del 13 marzo 1859, minuta). In data 20 aprile, con lettera rivolta a Marsengo, il rettore ribadisce il suo apprezzamento per l'opera compiuta e al contempo «perché negli archivi suddetti non si rinnovi più il disordine o la confusione, chi scrive ha ritenuto conveniente affidarne a lei la direzione e la custodia».
Reca la stessa data, 20 aprile 1859, quello che si può ritenere un regolamento per la tenuta dell'archivio comune, poiché prevede l'inventariazione delle carte e un attento controllo sulla loro movimentazione, per garantirne la reperibilità. Viene in esso ribadito quanto già prescritto dall'ordine del giorno del 19 agosto 1858 a proposito dei versamenti da parte dei segretari delle Facoltà e circa la distinzione fra documentazione da conservarsi temporaneamente o indefinitamente. Emerge inoltre la preoccupazione di rispettare il principio di provenienza, mantenendo distinte le serie appartenenti alle singole Facoltà.
