Protocolli della corrispondenza in entrata e in uscita gestita dal segretario dell'Università. I protocolli anteriori al 1860 sono strutturati in finche così intestate: nome dello scrivente e data della lettera; numero d'ordine; oggetto e tenore della lettera; corso della pratica; data della risposta; tenore della risposta. Presentano una rubrica. Non sono conservati i registri dal 1852 al 1940. Dal 1941 i registri si presentano strutturati in finche, con la pagina di sinistra destinata alla registrazione della corrispondenza in arrivo, quella di destra alla registrazione della corrispondenza in partenza. Il protocollo in arrivo prevede i campi: numero di protocollo; data, distinta in data della registrazione e data della carta in arrivo; numero di protocollo della carta in arrivo; provenienza; titolo delle pratiche in archivio; riassunto della lettera; classe; fascicolo. Il protocollo in partenza prevede i campi: numero delle carte in partenza, utilizzato in realtà per indicare la data della risposta; titolo della pratica in archivio; destinazione; riassunto della lettera. Si segnala che è assegnato lo stesso numero di protocollo alle lettere di risposta nonché alle successive lettere relative allo stesso procedimento.