I materiali sono stati ordinati in unità archivistiche tematiche che portano il titolo delle pubblicazioni di Enrico Castelnuovo. Nel caso di riedizioni, le carte sono state mantenute unite a quelle delle prime edizioni, come sembra essere stata prassi di Castelnuovo: sottofascicoli ordinati cronologicamente permettono di seguire l'evoluzione dell'opera, nonché di identificare immediatamente i documenti conservati nell'archivio.
Per la stessa ragione, si è optato di ordinare i saggi editi su rivista e gli articoli per i quotidiani a partire dal periodico su cui sono apparsi, suddividendoli poi ulteriormente in sottofascicoli quando la mole dei materiali lo abbia reso necessario.
Quando presentano stretta inerenza con una specifica pubblicazione i carteggi sono stati aggregati all'altra documentazione, estrapolandoli dalla serie della corrispondenza come già di prassi per Castelnuovo.